Budowa biblioteki NGS GDSPure Wybór rozmiaru DNA i czyszczenie Magbeads

opis produktu

GDSPure Magbeads do selekcji DNA
Kot.Nr: NC1011, NC1012, NC1013
 
składniki

 
Składowanie
Odczynnik należy przechowywać w temperaturze 2-8°C.Nie zamrażać.Okres przydatności do spożycia wynosi 2 lata, jeśli nie jest otwarty.
 
Opis
GDSPure DNA Selection Magbeads wykorzystują superparamagnetyczne kulki o wysokiej wydajności i doskonały stosunek buforu do dokładnego oczyszczania i selekcji fragmentów DNA od 150 bp do 1000 bp lub nawet większych.Nadmiar nukleotydów, soli, enzymów i innych zanieczyszczeń wprowadzonych podczas operacji konstruowania biblioteki DNA zostanie usunięty po prostym procesie przemywania, tak aby otrzymać oczyszczone fragmenty, które można bezpośrednio wykorzystać w dalszych zastosowaniach, takich jak sekwencjonowanie, hybrydyzacja, PCR i enzymatyczne trawienie.Magbeads GDSPure DNA Selection Magbeads mogą być używane w formatach ręcznych i automatycznych.
 
Aplikacja

Wybór rozmiaru i czyszczenie do sekwencjonowania nowej generacji (NGS), sekwencjonowania Sangera, qPCR, ddPCR i mikromacierzy itp.
 

PrzygotowawczyWork przedTOnmieksperyment

1. Roztwór myjący: świeży 80% (V/V) roztwór etanolu

2. Roztwór eluentu: woda wolna od nukleaz lub bufor TE

3. Wir

4. Stojak magnetyczny

5. Aby zapewnić dokładność wyboru zakresu, objętość próbki DNA powinna wynosić ≥ 50 μL

6. Przed eksperymentem wyjmij kulki magnetyczne z lodówki i ogrzej je do temperatury pokojowej przez ponad 20 minut przed użyciem

Protokoły

Wybór rozmiaru fragmentów DNA większych niż określony rozmiar (selekcja jednostronna)

1. Przygotuj 50 μl próbki DNA do odpowiedniej probówki wirówkowej.

2. Dodaj określoną objętość ponownie zawieszonych kuleczek GDSPure DNA Selection Magbeads zgodnie z 1^ulStosunek dodatku kulek w Tabeli 1 do próbki.Delikatnie dmuchać pipetą 10 razy (lub worteksować przez 30 s).Inkubować próbki przez 5 minut w temperaturze pokojowej.

Na przykład, aby wybrać wszystkie fragmenty większe niż 250 bp w próbce, dodaj 40 μl (0,80X) zawiesiny kulek magnetycznych.

3. Umieść probówkę na odpowiednim stojaku magnetycznym, aby oddzielić kulki od supernatantu.Gdy roztwór stanie się klarowny, ostrożnie usuń i odrzuć supernatant za pomocą pipety (nie wyrzucaj kulek).

4. Dodaj 200 μl świeżo przygotowanego 80% etanolu do probówki znajdującej się na statywie magnetycznym.Inkubować w temperaturze pokojowej przez 30 s, a następnie ostrożnie usunąć i odrzucić supernatant (nie naruszać perełek).

5. Powtórz Krok 4 jeden raz, łącznie dla dwóch prań.

Uwaga: Pamiętaj, aby usunąć cały widoczny płyn po drugim praniu.

6. Suszyć kulki na powietrzu, aż powierzchnia kulek magnetycznych nie będzie miała wyraźnego połysku, gdy probówka znajduje się na stojaku magnetycznym z otwartą pokrywą.

Uwaga: Nie przesuszaj perełek, może to skutkować niższym odzyskiem DNA.Kiedy koraliki zaczną pękać, oznacza to, że są zbyt suche.

7. Wyjmij probówkę ze statywu magnetycznego.Eluować docelowe DNA z kulek do 30-40 μl wody wolnej od nukleaz lub buforu TE.Dobrze wymieszać, pipetując w górę iw dół co najmniej 10 razy lub na mieszadle wibracyjnym przez 30 sekund.Inkubować przez 3-5 minut w temperaturze pokojowej.

8. Umieść probówkę na statywie magnetycznym.Po 5 minutach (lub gdy roztwór jest klarowny) przenieść supernatant do nowej probówki.Selekcja jest zakończona, a wyselekcjonowane DNA można wykorzystać do kolejnych eksperymentów lub przechowywać przez długi czas w temperaturze -20°C.

Selekcja wielkości fragmentów DNA w określonych przedziałach wielkości (selekcja dwustronna)

1. Przygotuj 50 μl próbki DNA do odpowiedniej probówki wirówkowej i oznacz ją jako A.

2. Dodaj określoną objętość ponownie zawieszonych kuleczek GDSPure DNA Selection Magbeads zgodnie z 1^ulProporcje dodawania kulek z Tabeli 1 do probówki A. Delikatnie przedmuchać pipetą 10 razy (lub worteksować przez 30 s).Inkubować próbki przez 5 minut w temperaturze pokojowej.

Na przykład, aby wybrać fragmenty o wielkości około 250 bp w próbce, dodaj 40 μl (0,80X) zawiesiny kulek magnetycznych.

• Umieść probówkę A na odpowiednim stojaku magnetycznym, aby oddzielić kulki od supernatantu.Gdy roztwór stanie się klarowny, ostrożnie przenieś supernatant do nowej probówki i oznacz ją jako B. Odrzuć kulki.

4. Dodaj określoną objętość zawiesiny kulek magnetycznych zgodnie z punktem 2^ndProporcje dodawania kulek z Tabeli 1 do probówki B. Delikatnie przedmuchać pipetą 10 razy (lub worteksować przez 30 s).Inkubować próbki przez 5 minut w temperaturze pokojowej.

Na przykład, aby wybrać fragmenty o wielkości około 250 bp w próbce, dodaj 10 μl (0,20X) zawiesiny kulek magnetycznych.

5. Umieść probówkę B na stojaku magnetycznym.Gdy roztwór stanie się klarowny, ostrożnie usuń i odrzuć supernatant.

6. Dodaj 200 μl świeżo przygotowanego 80% etanolu do probówki B znajdującej się na statywie magnetycznym.Inkubować w temperaturze pokojowej przez 30 s, a następnie ostrożnie usunąć i odrzucić supernatant (nie naruszać perełek).

7. Powtórz Krok 6 jeden raz, łącznie dla dwóch prań.

Uwaga: Pamiętaj, aby usunąć cały widoczny płyn po drugim praniu.

8. Suszyć kulki na powietrzu, aż powierzchnia kulek magnetycznych nie będzie miała wyraźnego połysku, gdy probówka znajduje się na statywie magnetycznym z otwartą pokrywą.

Uwaga: Nie przesuszaj perełek, może to skutkować niższym odzyskiem DNA.Kiedy koraliki zaczną pękać, oznacza to, że są zbyt suche.

9. Wyjmij probówkę B ze statywu magnetycznego.Eluować docelowe DNA z kulek do 30-40 μl wody wolnej od nukleaz lub buforu TE.Dobrze wymieszać, pipetując w górę iw dół co najmniej 10 razy lub na mieszadle wibracyjnym przez 30 sekund.Inkubować przez 3-5 minut w temperaturze pokojowej.

10. Umieść probówkę B na statywie magnetycznym.Po 5 minutach (lub gdy roztwór jest klarowny) przenieść supernatant do nowej probówki.Selekcja jest zakończona, a wyselekcjonowane DNA można wykorzystać do kolejnych eksperymentów lub przechowywać przez długi czas w temperaturze -20°C.

Tabela 1: Zalecane warunki doboru rozmiaru

Notatki

1. Przeczytaj uważnie instrukcję przed użyciem i postępuj zgodnie z instrukcjami.

2. Etanol z probówki wirówkowej należy usunąć tak daleko, jak to możliwe przed elucją, aby zapewnić skuteczność elucji.

3. Objętość eluentu można dostosować zgodnie z wymaganiami doświadczalnymi, ale nie mniej niż 20 μl.

4. Kulki magnetyczne należy unikać wirowania, zamrażania i innych operacji.Przed użyciem zawiesinę perełek można całkowicie wymieszać przez worteksowanie lub innymi metodami i pozostawić na ponad 20 minut w celu ogrzania do temperatury pokojowej.

5. Unikaj zawieszania się cieczy na pokrywie probówki podczas wirowania i pipetowania, aby zmniejszyć utratę DNA.
 
GDSBio to firma high-tech zajmująca się rozwojem, produkcją i marketingiem wysokiej jakości produktów z zakresu nauk przyrodniczych.Firma posiada kompletną linię produktów, z technologią PCR jako rdzeniem, koncentrując się na zwykłym PCR, fluorescencyjnym ilościowym PCR, konstrukcji biblioteki NGS, elektroforezie kwasu nukleinowego i innych technologiach biologii molekularnej, a także opracowała molekularne odczynniki do badań naukowych, molekularne surowce do diagnostyki in vitro materiały, odczynniki do ekstrakcji i wykrywania kwasów nukleinowych oraz inne produkty.